على الرغم من المزايا العديدة للاستخدام الهيدروليكي، إلا أنه يوجد بعض العيوب والتحديات التي تصاحب هذا النوع من الطاقة، ومن بين هذه العيوب:

1. التأثير على البيئة: قد تؤثر مشاريع توليد الطاقة الهيدروليكية على البيئة، حيث يمكن أن تتسبب في تغيير نظام الأنهار والبحيرات والمناطق الرطبة، وبالتالي تؤثر على النظام الإيكولوجي.
2. التأثير على الحيوانات: قد تؤثر مشاريع توليد الطاقة الهيدروليكية على الحيوانات المعيشية في المنطقة، حيث تؤثر على حركة الأسماك وحركة الحيوانات الأخرى في المياه.
3. التكلفة العالية: تحتاج مشاريع توليد الطاقة الهيدروليكية إلى استثمار كبير في البنية التحتية والمعدات المستخدمة، وهذا يجعل تكلفة البناء والصيانة عالية بعض الشيء.
4. الاعتماد على العوامل الطبيعية: تحتاج مشاريع توليد الطاقة الهيدروليكية إلى وجود سدود وأنهار ومياه جارية قوية، وهذا يعني أنه يجب اعتماد هذه المشاريع على العوامل الطبيعية التي قد تتغير بشكل غير متوقع.
5. التأثير السلبي على المناطق السكنية: قد يؤثر صوت التوربينات والأجهزة الأخرى في مشاريع توليد الطاقة الهيدروليكية على المناطق السكنية القريبة من المشروع، وهذا يمكن أن يسبب اضطرابات للأشخاص الذين يعيشون في المنطقة.

ومن المهم مراعاة هذه العيوب والتحديات عند تصميم وتنفيذ مشاريع توليد الطاقة الهيدروليكية، واتخاذ الإجراءات اللازمة للحد من تأثيرها على البيئة والمجتمع المحيط.